ศูนย์อำนวยการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเลภาค 3  เป็นหน่วยงานที่จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเลพุทธศักราช 2562 มีหน้าที่อำนาจได้รับผิดชอบการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเลในพื้นที่รับผิดชอบของทัพเรือภาคที่ 3 และบริเวณชายฝั่งทะเลของ 6 จังหวัดในพื้นที่ฝั่งทะเลอันดามัน โดยมีผู้บัญชาการทัพเรือภาคที่ ๓ เป็นผู้อำนวยการ ศรชล.ภาค3

สำหรับโครงสร้างการจัดหน่วยประกอบด้วย

สำนักฝ่ายอำนวยการศูนย์ยุทธการหมวดเรือเฉพาะกิจ ศรชล.จังหวัดและศูนย์ควบคุมความมั่นคงท่าเรือจังหวัด

โดยมีหน้าที่ในภาวะปกติเพื่อเฝ้าติดตามควบคุมกำกับและประสานงานกับหน่วยงานความมั่นคงทางทะเลในพื้นที่รับผิดชอบให้ปฏิบัติหน้าที่ในการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล ให้เป็นไปตามขอบเขตข้อกฎหมายของหน่วยงานต่าง ๆ

ทั้งนี้หากกรณีที่มีเหตุการณ์เกินขีดความสามารถของหน่วยงานกรณีไม่มีหน่วยงานรัฐครับผิดชอบจากกรณีที่มีความจำเป็นต้องบูรณาการหรือตามที่ได้รับมอบหมายรวมทั้งในภาวะไม่ปกติอันเนื่องมาจากสถานการณ์ใดใดที่กระทบหรืออาจส่งผลกระทบต่อผลประโยชน์ของชาติทางทะเลอย่างกว้างขวางและรุนแรง ศรชล. ภาค3 เข้ามาควบคุมบังคับบัญชาหน่วยงานภาครัฐเพื่อบูรณาการในการจัดการหรือแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้นให้ยุติโดยเร็ว

ศรชล.ภาค 3 ได้ติดตามสถานการณ์ความมั่นคงทางทะเลทั้งในระดับภูมิภาค และสถานการณ์ความมั่นคงทางทะเลทั้ง 9 ด้านโดยมีการประสานและแลกเปลี่ยนข้อมูลกับหน่วยงานความมั่นคงทางทะเลในพื้นที่ ศรชล. รวมทั้งเครือข่ายต่าง ๆโดยเฉพาะกลุ่มเรือประมงและภาคประชาชนบริเวณชายฝั่งและเกาะแก่งต่าง ๆ เพื่อนำข้อมูลมาทำการวิเคราะห์และกำหนดแนวทางรองรับให้สอดคล้องกับสถานการณ์ที่จะเกิดขึ้น

ทั้งนี้พบว่าปัญหาที่ยังคงเกิดขึ้นและมีแนวโน้มที่ยังคงอยู่ได้แก่การทำประมงผิดกฎหมายถาดการรายงานขาดการควบคุม หรือ IUU Fishing ที่ยังตรวจพบว่ามีการใช้เครื่องมือทำการประมงผิดประเภทบริเวณชายฝั่ง การเข้าเมืองผิดกฎหมาย โดยเฉพาะในเรื่องของการเปิดประเทศ  การเกิดอุบัติเหตุและการกู้ภัยในทะเล  การลักลอบนำสิ่งผิดกฎหมายเข้าประเทศ และการทำให้สิ่งแวดล้อมเสื่อมโทรม